Управление в МОБУ «СОШ № 3» осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, Уставом образовательного учреждения и строится на принципах единоначалия и самоуправления. Единоличным исполнительным органом Учреждения является Директор, к компетенции которого относится осуществление текущего руководства его деятельностью.

В МОБУ «СОШ № 3» формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся: педагогический совет Учреждения, общее собрание трудового коллектива Учреждения. В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления Учреждения и при принятии Учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников в Учреждении создан общешкольный родительский комитет Учреждения.